Międzywydziałowe Centrum Biotechnologii Politechniki Warszawskiej ma swoją siedzibę przy ulicy Waryńskiego 1 w gmachu im. prof. Janusza Ciborowskiego, w którym mieści się także Wydział Inżynierii Chemicznej i Procesowej Politechniki Warszawskiej.
Gmach im. prof. Janusza Ciborowskiego zlokalizowany jest na terenie wchodzącym w skład rekreacyjnego kompleksu Pól Mokotowskich (Parku im. Józefa Piłsudskiego), co zapewnia mu kameralny charakter pomimo położenia w samym centrum Warszawy. Bardzo dobry dojazd do siedziby MCB wynika z jego lokalizacji przy ulicy Waryńskiego, w pobliżu dwóch dużych warszawskich węzłów komunikacyjnych: Ronda Jazdy Polskiej (metro, autobusy) oraz Placu Unii Lubelskiej (tramwaje i autobusy).
Zarówno gmach, jak i leżący w bezpośrednim jego sąsiedztwie parking samochodowo-rowerowy, jest ogrodzony i całodobowo strzeżony przez Straż Akademicką Politechniki Warszawskiej.
Do Międzywydziałowego Centrum Biotechnologii Politechniki Warszawskiej można bezpośrednio dojechać z:
- Dworca Centralnego (PKP, Polski Express) autobusami nr 131 (przystanek DS 'Riviera'), 523 oraz tramwajem lini nr 19 lub, ze stacji Metro Centrum, metrem (przystanek Metro Politechnika).
- Dworca Zachodniego (PKP, PKS) autobusami nr 187, 408 i 523 (przystanek Metro Politechnika).
Rozkład jazdy taboru Zarządu Transportu Miejskiego w Warszawie znaleźć można na stronie internetowej www.ztm.waw.pl.